Das Verhältnis der Landesdatenschutzaufsichten zu den kirchlichen Aufsichten ist nicht immer ganz konfliktfrei. Die Aufsichten der großen Kirchen werden respektiert, in der Datenschutzkonferenz wird ihnen ein Mindestmaß an Beteiligung ermöglicht. Bei ihnen ist auch unstreitig, dass sie legitim sind – das sieht, wie eine Recherche im vergangenen Jahr zeigte, bei den Aufsichten kleinerer Gemeinschaften oft anders aus.

Abgeschlossen ist keines der Prüfverfahren der Landesdatenschutzaufsichten von Berlin, Hessen, Niedersachsen und Nordrhein-Westfalen, bei dem unter anderem das Alt-Katholische Bistum, die Selbständige Evangelisch-Lutherische Kirche (SELK), die Zeugen Jehovas und die Neuapostolische Kirche Westdeutschland überprüft werden – eine neue Abfrage hat aber zumindest in einem Fall neue Zwischenstände gebracht: zu den Zeugen Jehovas.